投資信託は、運営多くの金融機関、人手がかかります。また、多数の投資家がかかわる大きな資金を運営していくということで、ある意味、不自由な面もあります。そういったことから、投資信託には、株式など他の金融用商品と比べて、次のようなデメリットが挙げられます。

投資信託には、一般に2種類のコストがかかります。一つは申込手数料（販売手数料）として、商品説明や投資家が申込む手続きための手数料として証券会社や銀行など販売会社に支払うものです。もう一つは、信託報酬といって、ファンドを運用する会社、ファンドの財産を管理する信託銀行、投資家の窓口として事務処理を行う販売会社の三者に支払われるものです。申込手数料は購入時にのみかかるものですが、信託報酬はそのファンドを保有している期間中継続的にかかります。例えば、「信託報酬：年率1.5％」のファンドを購入して10年保有すると、投資資金に対する負担は概ね15％（1.5％×10年）と考えられ、長期に投資しようと思えば小さくない負担です。

株式や債券などを直接取引する時とは違いプロに運用を任せ、管理、情報提供までしてもらう、いわばファンドマネージャーを雇っているスキームのため、継続的なコストがかかるのも致し方ないものですが、他の同じようなファンドと比べて高すぎると感じる場合には、サービス内容とコストをよく検討する必要があります。なお、申込手数料については、同じファンドであっても、どこで購入するか（販売会社）によって率が異なります。証券会社や銀行の店頭販売は概ね高めに設定されていますが、その代わり、口頭で説明を訊き質問をすることもできます。一方、インターネット証券では、ホームページや書類を読んで自分で理解しなければならない反面、相対的に手数料率は低く、申込手数料0％で販売しているファンド（ノーロードファンド）も多く用意されています。

株式であれば、どこの証券会社に口座を開いても上場銘柄は概ねすべて購入できます。それに対して、投資信託はファンドごとに購入できる金融機関が異なります。ファンドができる度に販売会社がそれを取扱うかどうかを検討し、取扱いたい場合は運用会社に意向を伝えて契約をします。一つのファンドを複数の販売会社が取扱うことを公開販売といいますが、逆に、一つの販売会社だけが取扱うファンド（専用ファンド）もあります。投資家としては面倒でも、購入したいファンドを取扱う金融機関に口座を開かなければなりません。

販売会社ごとに投資信託商品のラインナップに方針が異なりますので、それをチェックして口座を持つようにすると投資信託の取引が便利になります。インターネット証券では、楽天証券やSBI証券などが幅広いラインナップを目指しており、現在1,500本以上を取扱っています。ファンドの説明を聴きたい場合は店頭販売をしている証券会社や銀行で口座を作ることになりますが、その金融機関と同じ経営系列の運用会社の商品が多かったり、同じ金融機関でも店頭販売とインターネット販売で取扱商品が異なることもありますので、あらかじめ確認した方がよいでしょう。

既に株式取引をしている投資家が特に不便に感じるのは、投資信託の基準価額（時価）が1日1本しか出ないことではないでしょうか。株式市場のザラ場（日中）に高値を記録していても、投資信託は終値で基準価額が計算されます。これは、購入・換金の注文も1日1回、終値ベースでしか出せないことを意味しています。したがって、株式のように買ってすぐ売るといった機動的・短期的な売買は、投資信託に向きません。ある程度、中・長期のスタンスで投資するようにしましょう。なお、ファンドを頻繁に売買したいのであれば、証券取引所に上場するインデックスファンド＝ETF（上場投信）を利用するほうがよいでしょう。

また、よく投資信託のデメリットとして「預金等とは違い、元本保証ではないこと」が挙げられています。しかし、元本保証でない、つまり投資の損益はすべて投資家が負うスキームなので、逆に大きく値上がりした場合もそのまま投資家の収益になるため、一概にデメリットとは言い切れないものと思われます。