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投資信託を利用するにはコストがかかります。一般の投資信託では主に「販売手数料（申込手数料）」「信託報酬」の2種類に、「信託財産留保額」を加えた3種類がコストとされます。ヘッジファンドなど機関投資家や富裕層向けのファンドでは、これに「成功報酬」が加わることがあります。
コストについて見ていく前提として、投資信託の運営に関与する3つの金融機関について確認しておきましょう。まず、投資家との窓口となる「販売会社」として、証券会社や銀行などがあります。そして、投資信託の財産を実際に運用する「運用会社」、投資信託の財産を管理する「信託銀行」があります。このようにして、販売・運用・管理を役割分担しています。それでは、コストの種類ごとに説明します。
販売手数料は申込手数料と呼ばれることもありますが、投資信託の商品説明や購入の手続きの対価として、販売会社に対して支払うものです。したがって、一般に、新興国資産への投資や仕組みが複雑なものなど説明に時間を要するファンドは信託報酬の率が高く、インデックスファンドなどシンプルなファンドは低くなっています。また、一つのファンドを複数の販売会社で取り扱っている場合がありますが、同じファンドでも販売手数料は販売会社ごとに異なりますので、注意しましょう。人手がかかる対面販売（銀行や証券会社の窓口での販売）は高く、ホームページの画面を自分で読んで理解・購入するインターネット証券などは低くなっています。
販売手数料は、約定代金（ファンドの基準価額×口数）に対する料率として表示されます。概ね年率1.08％～3.24％（消費税込み）ですが、手数料無料のファンド（ノーロード）もあります。
信託報酬は、基本的には投資信託の運用にかかる費用（運用管理費用）です。運用会社は、投資信託の運用のために経済環境や市場を調査し、組入れる銘柄や売買のタイミングを決定するなど、運用の中枢となる業務を行っています。その報酬として、運用会社が受取ります。その他に、財産を管理する信託銀行と、分配金や解約金の支払い事務や運用報告書の送付、投資家へのフォローなどを行う販売会社の役務に対しても支払われています。要するに、信託報酬は、運用会社、信託銀行、販売会社の三者が受取る形になります。信託報酬は、三者分を合計したもの表示され、三者の取り分（内訳）も開示されています。例えば、「信託財産の純資産総額に対して年率1.62％（消費税込み）」として、内訳が「販売会社0.648％、運用会社0.864％、信託銀行0.108％」などと記載されます。
注意点として、信託報酬はそのファンドを保有している間、継続的にかかる点が挙げられます。また、信託報酬はファンドの資産から控除されますので、約定代金と別に支払う必要はありません。なお、販売手数料と異なり、信託報酬の率は一つの同じファンドであればどこの販売会社で購入しても同じです。
投資家がファンドを解約すると、金額によってはその解約資金を手当てするために組入れている株式などを売却することになります。その時に売却コストがかかるわけですが、今後もファンドを保有し続ける人が解約する人のためにこのコストを負担するのは割に合いません。そこで、解約する場合に、0.1～0.3％程度のお金をファンドに残して行ってもらおうというのが信託財産留保額です。解約する投資家と保有を続ける投資家との公平を保つのが趣旨であり、信託財産留保額は一応コストと認識されますが、ファンド保有者の利益になるため本質的にはコストではありません。
また、解約の規模によってはせっかく組んだポートフォリオを構築し直さなければならず、ファンド資産の不安定が運用の不安定を招きます。そこで、安易な解約を避けてもらうように、解約者に対するペナルティ的な意味も併せて持っています。
なお、ファンドにより信託財産留保額があるものも、ないものもあります。購入する時に、投資信託説明書（目論見書）などで確認しましょう。この制度を採っているファンドでは、基準価額から信託財産留保額分を差し引いた値段が解約価額となっており、解約する際には、解約価額が適用されます。
成功報酬は、近年、一般の投資信託では見られなくなりましたが、ヘッジファンドなど機関投資家や富裕層向けのファンドにはあります。これは、基準価額が一定の水準を超えると、超えた分に対して20～30％を運用会社に支払うものです。料率としては高いように感じますが、少なくとも投資家に利益が出ていなければ支払われないものであり、運用者にとっても高い運用成果を上げるために大きなモチベーションとなっています。
上記のコストの他に、監査費用や株式などを売買するための手数料、外国に投資する場合の保管費用など実費がかかります。ただし、これらはすべて、信託財産から差引かれて時価評価に反映されていますので、約定代金と別に徴収されることはありません。