投資信託のうち、投資対象が100％債券であるファンドが公社債投資信託に分類されます。この場合の投資対象とは、投資の実態ではなく、約款上の記載として株式の組入れができないファンドを指します。公社債投資信託の分配金は利子収入となり、法人が公社債投資信託の収益分配金を受取る場合、全額が課税の対象となります。実務上、個人と同様に20.315％が源泉徴収されますが、徴収された税金は、原則として全額を法人税額・復興特別法人税から控除することができます。

公社債投資信託に該当しないファンド（約款のなかで、少しでも株式の組入れが可能となっているファンド）は、株式投資信託に分類されます。株式投資信託の分配金に対しては、法人口座においても、個人と同様に「上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率等」に基づいた源泉徴収が行われます。課税対象は普通分配金に対して、税率は所得税として15.315％です（地方税はありません）。そして、源泉徴収された税金は、確定申告によって法人税額から控除することができます。

なお、投資信託の分配金に関する税金計算には、個別元本方式が採用されています。ファンドを取得するときに要した金額（単位口数あたりの投資元本）を個別元本として、分配落ち後の基準価額と個別元本を比べることで、利益となる部分「普通分配金」と利益に当たらない部分「元本払戻金（特別分配金）」を分け、普通分配金は課税、元本払戻金（特別分配金）は非課税となります。この制度及び計算方法については、法人口座でも個人と同じです。

株式投資信託の分配金や解約・償還時の収益については、法人税の課税対象である法人の利益（益金）に加算しなくてよいという制度「益金不算入制度」が適用されます。というのも、株式投資信託が国内企業の発行する株式に投資している場合、その投資先の株式（企業）では法人税を払った後の利益を配当金として払い、投資信託はそれを受取って、投資家への分配原資としています。もし、分配金を受取る際に投資家が課税されると、投資先企業の事業から上がった利益に対して2回課税されることになります。その二重課税を排除するために、益金に算入しない（課税されない）という措置が採られることとなっています。

ただし、益金不算入となるのはファンドから受取った分配金の全額ではなく、国内株式の組入比率による制限があります。基本的には、分配金の50％が益金不算入となります。つまり、分配金額のうち2分の1が保有する株式からの配当部分とみなされているわけです。ただし、投資信託の約款のなかで「50％超～75％以下を株式以外の資産または外貨建て資産で運用することができる」とされているファンドは、分配金の12.5％が益金不算入となります。これは、国内株式で運用する部分を4分の1（25％）とみなして、その2分の1が配当部分とされるためです。さらに、「75％超を株式以外の資産または外貨建て資産で運用することができる」ファンドについては、益金不算入制度は適用されません。なお、国内企業の二重課税排除の趣旨から当然のことではありますが、公社債投資信託の分配金もこの制度の対象とはなりません。