「将来、起きるか起きないか分からない」不透明な状態を「リスクがある」といいます。投資信託のみならず投資には必ず価値や価格の変動があり、購入した値段よりも価値が下がれば損失（元本割れ）の可能性はあります。しかしながら、価格の変動がなければ損失もない代わりに収益のチャンスもありません。そして、価格変動が、上には大きいが下には小さいという資産も基本的にはありません。大きく収益が見込まれる投資は、大きく損失を被る可能性もあるのが自然の姿です。

元本割れの可能性が高いということは、裏を返せば、収益の期待も大きい資産です。株式に投資するファンドは概ねリスクが高いものですが、投資対象が未熟であるほど価格の変動が大きく、その代わりに大きな成長率も期待できます。例えば、大型株（大企業の株式）よりも中小型株（中堅企業の株式）、先進国の株式よりも新興国の株式の方が、リスク・リターンが大きくなります。

株式など常に大きく価格が変動する資産への投資は、購入するタイミングが重要です。価格が上がれば上がるほど、その次に下落が来る可能性は高くなります。これを「下値リスクが高まる」といいます。急激かつ大幅に上がったものほど、時期を慎重に検討したり、一度に多額に買わずに分けて買うなどの工夫で元本割れリスクに対応する必要があります。

「債券は確定利付き（決まった利子を受取り、元本が返ってくる）商品だから、債券に投資するファンドも元本割れしない」と誤解する人がいます。しかし、債券は満期まで保有すれば確かに確定利付き商品ですが、満期が来るまでは、株式と同じように相場（値動き）があります。ただし、確定利付き商品という性質から、株式ほど値動きは大きくありません。

また、満期までの期間が長い債券ほど値動きが大きく、短いほど値動きが小さいものです。したがって、長期の債券に投資するファンドは短期の債券に投資するファンドよりも、元本割れリスクは高くなります。なお、外国の債券に投資するファンドは為替変動の影響を受けますので、場合によっては株式ファンド並みの値動きをすることがあります。

なお、証券会社が扱う貯蓄性の高い公社債投資信託としてMMF、MRFがありますが、これらは、超短期の債券や、企業が利用する1日単位での借入（コールローン）を利用して、元本割れリスクが非常に低い運用をしています。ただし、過去に一度だけ、MMFが保有する債券を発行していた外国企業が粉飾決算スキャンダルを起こしたため、元本割れしたことがあります。

投資信託のなかには、元本を割らないように運用されるファンドもあります。例えば、債券を組入れておいてその利子収入部分だけで株式や先物などに投資するファンド、ファンドの満期に合せて元本の返還が保証された債券を購入するファンドなど。また、富裕層やプロの法人投資家向けの投資信託（ヘッジファンド）では、複雑で高度な金融工学を駆使して元本を割らないことを方針に掲げるファンドもあります。

ただし、元本を割らない仕組みで運用されていたとしても、投資信託では、銀行預金とは違って「元本が保証されること」はありません。また、一般投資家の理解を超えた複雑な仕組みで元本を確保しようとする運用には、やはり理解を超えたリスクがあるものです。

したがって、投資信託を購入しようとする投資家には、ファンドが取っているリスクの大きさ（投資対象のリスク）や運用の仕組みをよく理解し、元本割れの可能性の高さや値下がり幅の大きさを納得した上で購入を決めていただきたいものです。